Orgánmi ochrany poľnohospodárskej pôdy sú podľa § 20 zákona č. 220/2004 Z. z. o ochrane a využívaní poľnohospodárskej pôdy v znení neskorších predpisov (ďalej len „zákon“):

• Ministerstvo pôdohospodárstva a rozvoja vidieka Slovenskej republiky (ďalej len "ministerstvo"),
• Okresný úrad v sídle kraja, pozemkový a lesný odbor
• Okresný úrad, pozemkový a lesný odbor

Ministerstvo:

• je ústredným orgánom ochrany poľnohospodárskej pôdy,
• vydáva všeobecne záväzné právne predpisy v oblasti ochrany poľnohospodárskej pôdy.

Okresný úrad v sídle kraja, pozemkový a lesný odbor:

• koordinuje spoluprácu s pôdnou službou pri uplatňovaní tohto zákona,
• spracúva a ministerstvu predkladá informáciu o úbytkoch poľnohospodárskej pôdy v rámci územného obvodu kraja.

Okresný úrad, pozemkový a lesný odbor:

• nariaďuje opatrenia na ochranu poľnohospodárskej pôdy,
• rozhoduje o zmene druhu poľnohospodárskeho pozemku,
• rozhoduje o odňatí poľnohospodárskej pôdy,
• rozhoduje o usporiadaní druhu pozemku,
• je dotknutým orgánom a dáva stanovisko z hľadiska ochrany poľnohospodárskej pôdy v konaniach týkajúcich sa prevencie a nápravy environmentálnych škôd na pôde,
• prejednáva priestupky,
• ukladá pokuty,
• kontroluje plnenie podmienok uložených v rozhodnutiach,
• spolupracuje s pôdnou službou,
• sleduje a vyhodnocuje úbytky poľnohospodárskej pôdy v rámci svojho územného obvodu v ročných intervaloch, tie odsúhlasuje a nesúlad rieši s príslušným orgánom štátnej správy na úseku katastra,
• vydáva záväzné stanovisko  k odňatiu poľnohospodárskej pôdy na jej nepoľnohospodárske využitie (t.j. na účely výstavby diaľnic a ciest pre motorové vozidlá).  Záväzné stanovisko vydáva ten Obvodný pozemkový úrad, v obvode ktorého sa poľnohospodárska pôda navrhovaná na nepoľnohospodárske použitie nachádza.
  

Odborný dohľad nad ochranou poľnohospodárskej pôdy, dohľad nad dodržiavaním a uplatňovaním ustanovení tohto zákona je vykonávaný orgánmi ochrany poľnohospodárskej pôdy v spolupráci s pôdnou službou a Ústredným kontrolným a skúšobným ústavom poľnohospodárskym.

Orgán ochrany poľnohospodárskej pôdy je pri výkone odborného dohľadu oprávnený vstupovať na poľnohospodárske pozemky na účel kontroly plnenia opatrení.

V rámci odborného dohľadu pôdna služba:

• vykonáva prieskum a monitorovanie poľnohospodárskej pôdy,
• vedie databázu informácií o poľnohospodárskej pôde,
• spracúva návrhy opatrení a odborné stanoviská,
• spravuje a spresňuje mapu bonitovaných pôdno-ekologických jednotiek systémovo v rámci komplexnej revízie katastrálneho územia a v plošnom rozsahu celého katastrálneho územia.